במשנה ג' שבפרק ב' ממשיכה המשנה לבאר כי הכללים החלים על בית הדין דומים במידה רבה לכללים שנאמרו בכהן המשיח. הוראת בית הדין אינה מחייבת בקרבן אלא בשני תנאים: שהורו בטעות, ושהעם עברו על התורה בשוגג על סמך אותה הוראה מוטעית.
הוא הדין בכהן המשיח, הכהן הגדול המשוח שנתבאר במשנה הקודמת: אם הורה הוראה לעצמו ופעל על פי הוראתו המוטעית, מביא את הפר המיוחד שלו. וכן בעבירה של עבודה זרה - לא בית הדין ולא הכהן המשיח מתחייבים בקרבנם המיוחד, אלא אם כן הייתה הוראה מוטעית והעבירה נעשתה בשוגג.
היקף העבירות שעליהן חל פר העלם דבר:
אין פר העלם דבר בא, וכן אין קרבנו של הכהן המשיח בא, אלא על עבירות ש"זדונן כרת ושגגתן חטאת" - כלומר, העושה אותן במזיד, בידיעה שהן אסורות, חייב כרת; והעושה אותן בשוגג, בלא כוונה לעבור, מביא קרבן חטאת קבועה. אותו דין עצמו נאמר בכהן המשיח: עליו להיות אותו סוג עבירה שחייבים עליה כרת במזיד וחטאת קבועה בשוגג אצל אדם רגיל.
מהן העבירות הללו? הרמב"ם פותח וכותב כי ארבעים ושלוש עבירות הן שמביאים עליהן חטאת, ואילו המשנה הראשונה במסכת כריתות מונה שלושים ושש עבירות שהעונש עליהן כרת. כיצד מיישבים בין שתי הרשימות?
שלושים ושש הכריתות שבמשנת כריתות:
עריות - חמש עשרה.
מגדף - המברך את השם ומחרפו.
עבודה זרה - שלוש: עבודת אלילים ממש, העברת ילד באש למולך, ומעשה האוב.
חילול שבת - עשיית מלאכה בשבת.
טומאה - שתיים: ביאה לבית המקדש בטומאה, ואכילת קודשים במצב של טומאה.
מאכלות אסורים - ארבעה: דם; חלב, הוא השומן האסור; פיגול - בשר קודשים שבשעת אחת מארבע העבודות המהותיות שבעשיית הקרבן חשב הכהן לשורפו או לאוכלו חוץ לזמנו; ונותר - בשר קודשים שנותר לאחר המועד האחרון של אותו קרבן.
עבודה מחוץ לבית המקדש - שתיים: שחיטת קודשים, בהמות מוקדשות, מחוץ לבית המקדש שבו הן צריכות לקרב, והעלאתן בחוץ.
אכילת חמץ בפסח.
יום הכיפורים - שתיים: אכילה ביום הכיפורים ועשיית מלאכה בו.
שמן המשחה והקטורת - שלוש: עשיית שמן המשחה, עשיית הקטורת כמתכונתה, וסיכת עצמו בשמן המשחה.
מצוות עשה - שתיים: ברית מילה והשתתפות בקרבן פסח. המבטלן במזיד חייב כרת. (פרטי המועד שבו חל חיוב הכרת על מי שלא נימול מורכבים הם, ואין כאן מקומם.)
נקודת משנתנו היא שלא כל אותן שלושים ושש הן עבירות שמביאים עליהן פר העלם דבר, או שהכהן המשיח מביא עליהן את קרבנו המיוחד. חמש מתוכן, אף ש"זדונן כרת", אין שגגתן חטאת קבועה:
מגדף - המברך את השם, לפי שעניינו דיבור, ואין מביאים חטאת על דבר שאין בו מעשה, שאינו פעולה גופנית.
אכילת קודשים בטומאה וביאה לבית המקדש בטומאה - אף שזדונן כרת, השוגג בהן אינו מביא חטאת קבועה אלא קרבן עולה ויורד, המשתנה לפי יכולתו: חטאת רגילה, עז או כבשה נקבה, למי שידו משגת; ולמי שאין ידו משגת - שתי ציפורים, ואף מנחת חוטא של סולת בלבד.
ביטול ברית מילה וביטול ההשתתפות בקרבן פסח - מצוות עשה הן, ואי קיומן אינו מעשה אלא היעדר מעשה; לפיכך אין מביאים עליהן חטאת, אף שהמבטלן במזיד חייב כרת.
הרי חמש עבירות שזדונן כרת ואין שגגתן חטאת קבועה אלא דבר אחר, ונמצא שנותרו שלושים ואחת עבירות - והן שעליהן דנה משנתנו.
מניין הרמב"ם - ארבעים ושלוש:
הרמב"ם מונה ארבעים ושלוש, לפי שהוא מפרט מעשים רבים יותר בתחום העריות: במקום חמש עשרה עריות הוא מונה עשרים ושש, תוספת של אחת עשרה. טעם הדבר: לעיתים איסור אחד כולל כמה נשים אסורות. לדוגמה, האיסור לבוא על אישה ובתה - הנשוי לאישה, אסורות עליו הן אם אשתו והן בת אשתו, ושתיהן בכלל אותו איסור עצמו, וכן מתרחב הדבר לסבתות וכיוצא בזה. הרי שאף שמצווה אחת היא, נשים אחדות אסורות בה בפועל. תוספת נוספת: הרמב"ם מונה לא רק את האוב אלא אף את הידעוני, שני סוגים נפרדים של מעשי ניחוש. ובכך מגיע המניין לארבעים ושלוש.
עבודה זרה - יוצא מן הכלל:
עבודה זרה, שהזכרנו, דינה שונה, ולמעשה רק ארבעים ושתיים מתוך ארבעים ושלוש שוות בדינן. העובד עבודה זרה מתחייב בכרת ובחטאת בשני אופנים: אם עבדה באחת מארבע העבודות שבהן עובדים את השם - השתחוואה, זביחה, הקטרת קטורת וניסוך - או אם עבדה בדרך עבודתה המיוחדת. אלא שהחטאת הבאה עליה אינה החטאת הרגילה: אדם רגיל מביא עליה שעירת עזים בת שנתה בלבד, ומשום כך דינה שונה.
וכן כשהסנהדרין הורו הוראה כזו: במקום הפר, מביאים שעיר לחטאת ופר לעולה, כפי שנתבאר לעיל. ובתרחיש כזה, על פי הלכה המובאת בשם החתם סופר, אף הכהן המשיח מביא את השעירה המיוחדת בת שנתה. וזכור: בנסיבות רגילות אין הכהן הגדול, הכהן המשיח, מביא חטאת לעולם; זהו אפוא יוצא מן הכלל - בעבודה זרה מביא הוא את אותה שעירה בת שנתה שמביא אדם רגיל, ובלבד שהורה בטעות ונהג על פי הוראתו המוטעית.
לסיכום: בחלק זה למדנו כי דין בית הדין ודין הכהן המשיח שווים בתנאיהם - הוראה מוטעית ומעשה בשוגג בעקבותיה; וכי אין פר העלם דבר בא אלא על עבירות שזדונן כרת ושגגתן חטאת קבועה. מנינו את שלושים ושש הכריתות שבמשנת כריתות, גרענו מהן חמש שאין שגגתן חטאת קבועה ונותרו שלושים ואחת, עמדנו על מניינו של הרמב"ם - ארבעים ושלוש - ועל דינה החריג של עבודה זרה בקרבנותיה.