נמשיך בביאור העקרונות שלמדנו, ונברר באילו מקרים הם חלים על הסנהדרין. תחילה נעמוד על מצוות - עשה ולא תעשה כאחת - שאף אם הורו בהן בית דין בטעות, אין מביאים עליהן פר העלם דבר. מדובר בענייני המקדש, שבהם השוגג מתחייב בקרבן עולה ויורד ולא בחטאת קבועה.
מצוות עשה ולא תעשה בעניין המקדש:
מצוות לא תעשה: טמא שנכנס לבית המקדש. במזיד עונשו כרת, ולפיכך אסור לו להיכנס; ואילו בשוגג אין הוא מתחייב חטאת קבועה אלא קרבן עולה ויורד. משום כך אין חובה להביא על הוראה מוטעית בעניין זה פר העלם דבר, ואף לא את הפר המיוחד של כהן משיח.
מצוות עשה: מי שנודע לו שהוא טמא, חייב לצאת מן העזרה בדרך הקצרה והישירה ביותר, ולא לצאת בעקיפין. ואם הורו הסנהדרין בטעות שיצא בדרך העקיפה - אף שזו הוראה מוטעית, אין כאן העלם דבר. וכן כהן משיח שהורה כך לעצמו ויצא בדרך הארוכה, אין הוא מביא את הפר המיוחד, שכן אין כאן חטאת קבועה אלא קרבן עולה ויורד בלבד.
מכאן גם לדין הספק: אדם שאינו יודע אם נכנס למקדש בטומאתו - כגון ששני שבילים היו לפניו ואין הוא זוכר באיזה מהם הלך - או שאינו יודע אם יצא בדרך הישירה או שלא בדרך הישירה, אין הוא מביא אשם תלוי.
הטעם לכך: הכלל הוא שבמקום שבו הוודאי מחייב חטאת קבועה, מביא אדם על הספק אשם תלוי - קרבן התולה ומגן עליו עד שיתברר הדבר, אם יתברר אי פעם, אם אכן חטא. אולם דין זה אינו נוהג בקרבן עולה ויורד. וכיוון שהנכנס למקדש בטומאה בשוגג מביא עולה ויורד, אין על ספקו אשם תלוי.
מצוות עשה ולא תעשה בעניין הנידה:
המשנה ממשיכה ומלמדת שיש מצווה שיש בה עשה ולא תעשה כאחת ואף על פי כן דינה שונה - והיא הנידה. אם הורו בית דין בטעות וכל הקהל נהגו על פי הוראתם, מביאים פר העלם דבר, ובמקום המתאים שנים עשר פרים בשם הקהל; וכן הדין בכהן משיח שהורה לעצמו וטעה. ואף בספק, אם אין הוא יודע אם אירע הדבר או לא, מביא אשם תלוי. הטעם לכל אלה אחד הוא: הבא על הנידה במזיד עונשו כרת, ובשוגג חייב חטאת קבועה.
כיצד ייתכן שתהיה מצוות עשה בעניין נידה?
לשון המשנה: "ומצוות לא תעשה שלא יבוא אל הנידה" - זהו הצד השלילי שבמצווה: האיסור הכללי לבוא על אישה שהיא בכלל נידה, שבמזיד עונשו כרת ובשוגג חטאת קבועה. ומצוות העשה שבה היא חובת הפרישה מן הנידה.
וכך הדבר: אם באמצע התשמיש נודע שהאישה נידה, או שנעשתה נידה באותה שעה, אין הבעל רשאי לפרוש מיד, שכן פרישה מיידית עודנה כרוכה בהנאה. אלא עליו להמתין עד שיירגע ויהיה איבר מת ורפוי, ורק אז יפרוש - שלא ייהנה מן הפרישה עצמה.
נמצא שאם פרש מיד, חלה עליו החובה האמורה: כרת אם עשה זאת במזיד, וחטאת אם עשה זאת בשוגג. זהו אפוא התרחיש שבו יש בנידה עשה ולא תעשה, ושבו עשויים הסנהדרין להתחייב בפר העלם דבר או בשנים עשר הפרים בשם הקהל; וכיוצא בזה הכהן המשיח, שאם הורה לעצמו בטעות בעניין זה ועשה על פי הוראתו בשוגג, חייב להביא את הפר המיוחד של פר כהן משיח.