משנה זו ממשיכה באוסף התנאים שמנו קולות נוספות של בית שמאי. כאן נשנו הדברים בשם רבי ישמעאל, אך רבים גורסים "רבי שמעון" - כך בנוסחאות מוקדמות, וכך גם הגרסה במסכת ידיים. גרסה זו אף עקבית יותר, שכן הפרק כולו סובב סביב תלמידי רבי עקיבא, וקודם לכן נשנו דברי רבי יוסי ורבי יהודה. על כל פנים, נמנים כאן שלושה דברים נוספים שבהם הקלו בית שמאי.
א. קהלת - אם מטמא את הידיים:
כלל הוא שכתבי הקודש (התנ"ך) הם מקור טומאה מדרבנן. טעמה של גזירה זו, שאינה אינטואיטיבית, נעוץ בדרכי האחסון בתקופת המשנה: המקום היה מצומצם, ואנשים היו מחזיקים בארון אחד את כל דברי הקודש שברשותם - התרומה יחד עם המגילות. משנשמר האוכל שם עד שיזדמן כהן, היו העכברים באים, אוכלים את המזון וגם מכרסמים בכתבי הקודש. אמרו חכמים: נגזור טומאה על כתבי הקודש, וכך לא יניחו אותם בסמוך לתרומה, ובדרך זו יישמרו הכתבים.
עיקרון זה מוסכם ואין עליו מחלוקת. השאלה היא אילו ספרים נכללים במעמד זה של מקור טומאה, שמחמתו לא יונחו ליד התרומה. ישנם כמה ספרים שנחלקו בהם: אחד מהם שיר השירים, שאינו מוזכר במשנתנו, והשני קהלת, שהוא נושא משנתנו.
קהלת נכתב על ידי שלמה המלך, והשאלה היא: האם הוא ביטוי לחכמתו יוצאת הדופן של שלמה בלבד, ואין בו רוח הקודש - ולפיכך אינו מקור טומאה? או שאין אלו דברי חכמה בלבד, אלא דברים שנאמרו בהשראה אלוקית, ברוח הקודש, ולפיכך הם חלק מן הקאנון ומן התנ"ך.
לשון המשנה: בית שמאי סוברים שקהלת דברי חכמה הוא ואינו רוח הקודש, ולכן "אינו מטמא את הידיים". ובית הלל אומרים שהוא מטמא את הידיים, משום שנכתב ברוח הקודש והוא חלק מן הכתובים - וכך אנו פוסקים.
ב. מי חטאת שעשו מצוותן:
נושא זה נדון אף במסכת פרה. מדובר במי הטהרה הנעשים מאפר הפרה האדומה המעורב במים חיים לצורכי טהרה. הפסוקים שבחומש מכנים אותם "מי נידה" (מי הזייה), וחז"ל מכנים אותם "מי חטאת" - מלשון לחטא, לטהר ולנקות.
עוד לפני שנשתמש בהם, ובאופן שאינו אינטואיטיבי כלל, מי חטאת הם מקור טומאה בפני עצמם, אף שמשתמשים בהם לטהר בני אדם מטומאת מת. ולא עוד, אלא שהם מקור טומאה חמור למדי: הם מעבירים טומאה לכל הנוגע בהם ואף לנושא אותם בלא מגע ישיר, במגע ובמשא, כאשר אין הדבר נעשה לצורך תהליך הטהרה. אף העברתם ממקום אחסון אחד למשנהו - הגבהת כד מי החטאת והנחתו במקום אחר - מטמאה את המגביה.
השאלה היא מה מעמדם לאחר שהזו מהם על האדם, כלומר לאחר שעשו את מצוותם ושוב אין משתמשים בהם: האם עודם בכלל "מי חטאת" ו"מי נידה" שבפסוק, ולפיכך מקור טומאה? למשל, כאשר הזו על אדם ומאפו נוטפת טיפה מאותם מים ונוגעת בדבר מה - האם נטמא הדבר? או שמא משעשו את מצוותם וטיהרו את האיש, שוב אינם "מי נידה" ואינם אב הטומאה.
ובלשון המשנה: "מי חטאת שעשו מצוותן - בית שמאי מטהרין ובית הלל מטמאין". בית שמאי סוברים שמשעשו את שלהם שוב אינם מי החטאת ומי הנידה שבפסוק, ואינם אב הטומאה. ובית הלל אומרים שהם נשארים במעמדם המקורי, מי נידה שבפסוק, ולפיכך הם מקור טומאה המעביר טומאה במגע ובמשא.
ג. הקצח:
נחלקו הראשונים בזיהויו של הקצח: לדעת רש"י, בעל הטורים וראשונים רבים נוספים מדובר בשומר, ולדעת הרמב"ם וראשונים אחרים מדובר בכמון (זרעי הכמון וזרעי השומר דומים זה לזה עד מאוד). לצורך הביאור ננקוט שמדובר בשומר. אכילתו בכמויות גדולות אינה יפה לאדם, אך נהגו לערבו במזון כמעין תרופה, למשל כנגד כאב ראש.
השאלה היא: מאחר שהוא מין עשב הגדל מן הקרקע ובא בצורת זרע, ואף שאין הוא יפה לאדם כשהוא נאכל כמות שהוא או בכמויות גדולות, הרי בכמויות קטנות יש לו השפעות רפואיות ואנשים אכן אכלוהו כחלק ממזונם - האם נחשב הוא אוכל או לא?
אם נחשב הוא אוכל, הריהו מקבל טומאת אוכלין וחייב בתרומה ומעשרות. ואם אינו נחשב אוכל, כדין תרופה שאין אכילתה אכילה - שהרי כולנו נסכים שכדור פרצטמול אינו אוכל, אף שבולעים אותו - הרי שאינו מקבל טומאה ואינו חייב במעשרות. וכאן אין מדובר בתרופה נפרדת אלא בדבר שמפזרים בתוך המזון עצמו.
בית שמאי מקלים ואומרים שהוא טהור, אינו מקור טומאה ואינו אוכל, ולפיכך אינו חייב במעשרות. בית הלל מחמירים ואומרים שהוא מקבל טומאה, מפני שהוא אוכל, ולפיכך חייב אף בתרומה ומעשרות.
ובלשון המשנה: "הקצח - בית שמאי מטהרין ובית הלל מטמאין, וכן למעשרות". בית שמאי סוברים שאינו מקבל טומאת אוכלין, שכן אין הוא אוכל אלא מעין תרופה המפוזרת על המזון שנזדמן לה לגדול מן האדמה. ובית הלל סוברים שבני אדם אוכלים אותו - בכמויות קטנות הוא ראוי והוא חלק מן המזון - ולפיכך הוא אוכל המקבל טומאת אוכלין. וכן לעניין מעשרות: מאחר שהוא אוכל הגדל מן האדמה ונאכל, יש להפריש ממנו תחילה תרומות ומעשרות כראוי.
הרי לנו שגם כאן, בכל אחד מן הכיוונים, בנויות קולא וחומרא כאחת.