המשנה ממשיכה במניין החומרות שנאמרו בקודשים ואינן נוהגות בתרומה.
"אוכלין אוכלין נגובין בידים מסואבות בתרומה, אבל לא בקודש":
מותר לאכול אוכלים יבשים בידיים טמאות כשמדובר בתרומה. אין הכוונה שהאוכלים יבשים בשעה זו בלבד, אלא שמעולם לא באו במגע עם משקים שיכשירום לקבל טומאה. מאחר שאינם מוכשרים לקבל טומאה, אפילו נגעו בהם ידיים טמאות אין הם נטמאים.
אך בקודש הדין שונה, שכן בקודשים התחשבו במושג של חיבת הקודש: חיבת הקודש מכשירה את המאכל לקבל טומאה אף בלא שבא במגע עם משקה. לפיכך אין לאכול אף מאכלי קודש יבשים בידיים טמאות, שהרי הן מטמאות אותם.
קושיית הגמרא וביאור הרמב"ם:
הגמרא מקשה כי יסוד זה - שחיבת הקודש מכשירתו לקבל טומאה, ולפיכך אין לאכול קודש בידיים טמאות - פשוט מכדי שהמשנה תבוא ללמדו. מכאן נאמרו הסברים שונים בכוונת המשנה, ואנו נבאר על פי שיטת הרמב"ם.
לדעת הרמב"ם עוסקת המשנה במקרה שבו האדם כלל אינו נוגע במאכל הקודש: אדם אחר מכניסו לפיו, או שהוא עצמו מכניסו באמצעות מזלג. המשנה מחדשת שאף באופן זה אין לאכול את הקודש, מחשש שמא יכניס לפיו באותה שעה גם חולין שהוכשרו לקבל טומאה, ייגע בהם בידיו הטמאות ויטמאם, ואלו יטמאו בתורם את הקודש.
בתרומה, לעומת זאת, אין חוששים לכך, שכן אין התרומה טעונה זהירות יתרה כקודש. לפיכך אין חוששים שמא ייגע בידיו בחולין רטובים ואלו ישפיעו על התרומה, ומותר לאכול תרומה בידיים טמאות - כל עוד התרומה עצמה אינה מוכשרת לקבל טומאה, או שאדם אחר מכניסה לפיו.
"האונן ומחוסר כיפורים צריכין טבילה לקודש אבל לא לתרומה":
האונן - מי שמת לו קרוב משפחה ועדיין לא נקבר.
מחוסר כיפורים - מי שהיה טמא, וגם לאחר שטבל במקווה והעריב שמשו עדיין מוטל עליו להביא את קרבנותיו.
שניהם טעונים טבילה נוספת במקווה לצורך אכילת קודש, אף אם כבר היו טהורים קודם לכן, אך אינם טעונים טבילה זו לצורך אכילת תרומה.
טעם הדבר הוא החשש שמא נטמאו: באונן, מתוך טרדתו באובדן קרובו עלול היה להיטמא; ובמחוסר כיפורים, מאחר שעד אותה שעה היה אסור באכילת קודש, יש לחשוש שלא נזהר די הצורך ונטמא. לפיכך מחייבים אותם בטבילה נוספת לפני אכילת קודש, אך לא לפני אכילת תרומה.
לסיכום: במשנה זו למדנו שתי חומרות נוספות שבקודש: אכילת אוכלים יבשים בידיים טמאות, המותרת בתרומה ואסורה בקודש מחמת חיבת הקודש המכשירתו לקבל טומאה - ולביאור הרמב"ם, אף כשאין נוגעים במאכל, מחשש תערובת חולין מוכשרים; וכן חיובם של האונן ומחוסר כיפורים בטבילה נוספת לקודש ולא לתרומה, מחשש שמא נטמאו.