בשלשלת נשיאי חב"ד שני הוא האדמו"ר האמצעי, רבי דובער, בנו וממלא מקומו של אדמו"ר הזקן. שמו נקרא על שם המגיד ממעזריטש, רבו של אדמו"ר הזקן, וזאת לא במקרה. אדמו"ר הזקן נשא אשה בשנת תק"ח, וארבע עשרה שנה עברו עליו בלא ילדים. בקשות ברכה הרבה הפנה אל המגיד, וזה נתן לו סגולה לבנים: הכנסת אורחים. יומיים בטרם הסתלק המגיד, בערב ט' כסלו תקל"ג, קרא לאדמו"ר הזקן ופרט באוזניו את כל סדרי הלילה שלפני הברית, את סעודת שלום זכר ואת שאר הענינים. בין דבריו אמר לו על הכתוב 'חזון עובדיה' — עובדיה, עובד י'-ה', עובד ה', שמי שעובד את בוראו זוכה לחזון ולראייה — והוסיף: ייוולד לך בן, ותקרא לו בשמי. ואכן, כעבור שנה תמימה, בט' כסלו תקל"ד, נולד הבן, ונקרא דב בער כשם המגיד.
בשנת תקמ"ח, בהיותו כבן ארבע עשרה, בא אדמו"ר האמצעי בברית הנישואין. כפי שמספר הרבי בשיחותיו, הוצעו לפניו כמה שידוכים, והוא בחר דווקא באותו שיוכל להתממש במהירות הרבה ביותר — שכן השתוקק לשמוע את המאמרים שיאמר אביו בחתונה ובשבע הברכות, ובהם ביקש להכריע את בחירתו. אשתו היתה הרבנית שיינא, בתו של אחד מחסידי אדמו"ר הזקן, מלמד עני שאיש לא אבה להשתדך עמו מרוב דלותו, עד שאמר לו אדמו"ר הזקן: 'אני אשתדך עמך, ואז יקפצו רבים אחרים' — ולקח את בתו לכלה לבנו.
בשנת תקנ"א, בהיותו כבן שש עשרה בלבד, הטיל עליו אדמו"ר הזקן את הדרכת כל האברכים בליאוזנא, ואף את הקשר במכתבים עם אלו הסמוכים על שולחן אביהם או חותנם במקומות רחוקים. אדמו"ר האמצעי מילא תפקיד זה בהתעניינות עצומה. פעם סיפר, שכאשר הטיל עליו אביו עבודה זו, שאלו כיצד יש להביט על אברך, על יהודי, והשיב: על יהודי צריך להביט כפי שהוא עומד במחשבה הקדומה עד אדם קדמון — לראותו במלוא שלמותו, בן לקדוש ברוך הוא, ובאופן זה להתעסק עמו.
עם הסתלקות אדמו"ר הזקן בכ"ד טבת תקע"ג, בהיות אדמו"ר האמצעי כבן שלושים ותשע, עברה אליו הנשיאות. בעת ההסתלקות לא היה נוכח, שכן אביו שלחו לפני כן בשליחות לקרמנצ'וג. אדמו"ר הזקן נטמן בהאדיץ', ואילו שאר בני המשפחה עברו לגור בעיירה ראמן הסמוכה, בעוד הצמח צדק — נכדו של אדמו"ר הזקן וחתנו של אדמו"ר האמצעי — נשאר בהאדיץ' לתקופה. משקיבל את הנשיאות, פרצה התעוררות גדולה בקרב חסידי חב"ד בכל רוסיה, וכל אזור שלח משלחות בבקשה שיבוא ויתיישב אצלו. אדמו"ר האמצעי נשאר בקרמנצ'וג עד לאחר חג השבועות, ואז החליט לעבור לרוסיה הלבנה. מסעו נמשך חודשים אחדים, ובכל תחנה עצר ואמר חסידות וקירב חסידים נוספים, עד שקבע את מושבו בעיר לובביץ' שבפלך מוהילב, ביום שני ח"י אלול תקע"ג. מאותה שעה החלה שלשלת חב"ד בלובביץ'.
כבר בשנת תקע"ד, השנה הראשונה לנשיאותו, הקים ועד מיוחד לבניין ערי ישראל בחבל רוסיה הלבנה, שנחרבו במלחמה בין רוסיה לצרפת. פלישת צבאותיו של נפוליאון עם מאות אלפי חייליו אל תוככי רוסיה בדרכה למוסקבה הביאה חורבן, ביזה, רעב וקרבות על האזור כולו, וקהילות יהודיות רבות נפגעו. אחת מפעולותיו הראשונות של אדמו"ר האמצעי היתה לוודא שאותן קהילות תיבנינה מחדש ותשובנה למעמדן הראוי.
בשנת תקע"ה השתדל ופעל בפני שרי הממשלה להפריש חלקות אדמה בפלך חרסון, וייסד שם מושבות יהודים. מצב היהודים בגשמיות היה קשה מנשוא, והוא הציע לממשלה כי יינתנו לו אדמות, ועליהן הושיב כאלפיים מתיישבים שיעבדו את האדמה. כל הקרקע נרשמה על שמו, המתיישבים נפטרו מן המסים, וסופקו להם סוסים לדרך והותר לבהמותיהם לרעות בשדות הממשלה. במכתב מיוחד, המודפס באגרות קודש שלו, ביאר את התועלת הגדולה שבעבודת האדמה: שתמעט האנטישמיות ותקרב את לבות השלטונות, שאינם חפצים בסוגי המסחר שבהם רגילים היהודים. יש שהוסיפו סברה נאה, שבעבודת האדמה נשאר האב עם בני ביתו ואינו נודד רוב השנה, ובכך משתמרים חיי יראת השמים של המשפחה. את המושבות היה נוהג לפקוד מפעם לפעם, ובשנת תקע"ז שהה בהן חודשים אחדים, מפסח ועד אלול, כדי לחזק את יושביהן.
בשנים תקע"ו–תקע"ז ייסד יישוב של חסידי חב"ד בחברון. בתחילה התגוררו החסידים בצפת, ובהמשך עלו לחברון. באחד ממכתביו כתב כי מצא בשם הרדב"ז, שכל מי שיש לו אחוזת נחלה בעיר הקודש חברון ניצול מחיבוט הקבר, ולפיכך קנה שם חלקה שנרשמה על שמו והפכה לבית הכנסת בחברון. נחלה זו שייכת לאדמו"ר האמצעי עד היום, ואפשר לומר כי בית הכנסת החב"די העתיק ביותר בעולם עומד בחברון עוד מימי התיישבותם של החסידים בה.
בשנת תקפ"ז אירע המאסר הידוע, על פי מלשינות מאותו סוג שהעלילו על אדמו"ר הזקן — כאילו אוסף כספים כדי למרוד במלכות רוסיה. שורש הדבר היה במכתב ששלח בתחילת נשיאותו אל החסיד רבי פנחס מרזס, ובו סיפר כי אסף בדרכו ג' או ד' אלפי רובל, וביקש שיצרף עוד שני חסידים כדי שיישבו שלושתם ויחליטו כיצד לחלק את הכסף. המכתב הגיע לידי המלשין, וזה זייפו בהוספת שתי אותיות בלבד: במקום ג' או ד' אלפים כתב ק"ג או ק"ד — מאה ושלושה או מאה וארבעה אלף רובל, סכום עצום. משכך העלילו כי אם במקום קטן נאסף כסף רב כל כך, בוודאי מזימה בדבר. אדמו"ר האמצעי נאסר בכ"ח בתשרי תקפ"ז, וביום י' כסלו יצא לחירות — הוא חג הגאולה המפורסם שלו.
כשנתפרסמה פקודת המלך על גיוס צעירי היהודים לצבא, לקח אדמו"ר האמצעי את הגזרה קשה מאוד, וביקש לפעול ברוחניות לביטולה. בתמוז תקפ"ז יצא מלובביץ' אל אוהל כבוד קדושת אביו בהאדיץ', ושהה שם עד אמצע חשוון תקפ"ח, כל אותם חודשים כדי להתפלל על ביטול הגזרה. פעם יצא מן הציון בשמחה גדולה ובפנים מאירות, ואמר: 'פעלתי אצל אבא שיפטרו אותי מהרבנות'. החסידים, שהיו רגילים לשמוע ממנו על רצונו לעלות לארץ ישראל, סברו כי קיבל רשות לנסוע לשם, ושאלוהו כיצד ישאיר את החסידים בלא מנהיג; והשיב: 'החתן שלי נמצא אתכם' — ברמזו על הצמח צדק, שאכן נעשה הרבי הבא.
בחזרתו מהאדיץ' חלה בעיר ניז'ין שבפלך צ'רניגוב, ושם נסתלק ביום רביעי ט' כסלו תקפ"ח — הוא יום הולדתו — בהיותו בן חמישים וארבע. אדמו"ר האמצעי היה אומר תמיד כי הוא ירא משנת תקפ"ח, שרמוזות בה גזרות. פעם אמר, כי כאשר נלקח אביו למאסר השני בהיותו בן חמישים וארבע, ניתנה לו מן השמים ברירה בין ייסורים לבין הסתלקות, ואביו בחר בייסורים ונלקח למאסר; 'וכנראה את האופן השני השאיר לי' — ואכן נסתלק בגיל חמישים וארבע ממש. הסתלקותו, המתוארת בהרחבה בספר בית רבי, דמתה בדברים רבים להסתלקות הרשב"י, ומקום קבורתו בניז'ין.
שני בנים היו לאדמו"ר האמצעי. הבכור, רבי מנחם נחום, נולד חודשים אחדים לאחר הסתלקות רבי מנחם נחום מצ'רנוביל ונקרא על שמו. הוא נכח בהסתלקות אדמו"ר הזקן והתעסק במסירות נפש בקבורתו בהאדיץ'. הרבי תיאר אותו כבעל מזג טוב ופנים מאירות, קל תנועה אף בהיותו כבן שמונים, ומדקדק בכל פרט בסיפוריו; כל סיפור הגאולה של יו"ד-ט' כסלו עבר ממנו במסורת לדורות. הוא נפטר בשנת תרל"ו. הבן השני, רבי ברוך (הנקרא גם ברוך שמואל), נשא את בת דודתו, הרבנית ביילא רייזה, בתו של רבי חיים אברהם בן אדמו"ר הזקן.
בנות הרבה היו לאדמו"ר האמצעי. הרבנית שרה הבכורה נפטרה בנעוריה, והיתה נשואה לבן בנו של רבי לוי יצחק מברדיצ'ב. הרבנית ביילה נישאה לרבי יקותיאל זלמן, אף הוא נכד רבי לוי יצחק, וחתונתם — 'החתונה הגדולה בז'לובין' — נערכה בסיוון תקס"ז בנוכחות אדמו"ר הזקן ורבי לוי יצחק מברדיצ'ב. הרבנית חיה מושקה נישאה לבעל הצמח צדק. הרבנית דבורה לאה נישאה לרבי יעקב ישראל מצ'ירקס, בנו של רבי מרדכי מצ'רנוביל ונכד רבי נחום מצ'רנוביל, שאמו היתה בת רבי אהרן מקרלין; חתונתם היתה בתקע"א בנוכחות אדמו"ר הזקן.
על השידוך של הרבנית דבורה לאה מסופר, כי בהיות אדמו"ר הזקן בבית רבי מנחם נחום מצ'רנוביל, ונדונה שאלה מהיכן יצא משיח, ניגש אל חדר התינוקות שבו שכבו הנכדים בעריסותיהם, נגע בראש כל אחד עד שהגיע אל רבי יעקב ישראל ואמר: 'הוא בשביל הנכדה שלי, דבורה לאה' — עוד בעודם תינוקות. ועל הסתלקותם מסופר סיפור מבהיל: רבי יעקב ישראל הזמין את נכדו רבי מרדכי דב מהורנשטייפל והכניסו אל החדר שבו ישבה גם הרבנית דבורה לאה, ואמר לו כי יש ביניהם מחלוקת, זו טוענת שעליה להסתלק ראשונה שלא תישאר אלמנה, וזה טוען שעליו להסתלק ראשון, ועל הנכד להכריע. השיב הנכד: הסבתא צודקת בסברתה, אך איני חפץ לחלוק על הסבא, ולכן ששניכם תסתלקו באותה שנה. וכן היה: היא נסתלקה בראש חודש סיוון תרל"ו, וכעבור כשלושה חודשים, בי"ג אלול תרל"ו, נסתלק בעלה.
הרבנית ברכה נישאה לרבי יולה הכהן מז'יטומיר, בי"ד שבט תקס"ב. הרבנית מנוחה רחל, המפורסמת שבבנות, נולדה בי"ט כסלו תקנ"ט — ביום הגאולה של אדמו"ר הזקן — וכששמע אביה על הולדתה אמר: 'מעתה תהיה לנו מנוחה', ולכן קראה מנוחה, ורחל על שם בתו של אדמו"ר הזקן שנפטרה צעירה. היא עלתה לארץ ישראל וגרה בחברון. בטרם נסעה נפרדה מן הצמח צדק — שהיה גיסה, דודה ורבה — ואמרה כי היא חוששת מן הגשמים, והשיב לה: 'תסעי בין טיפות הגשם', ומסופר שעד סוף ימיה לא ירד עליה גשם. בעלה היה רבי יעקב קולי סלונים, אבי משפחת סלונים, בן החסיד רבי זלמן רוזיס משקלוב, שנולד אף הוא במופת מברכת אדמו"ר הזקן. הרבנית שרה, הבת השביעית, נקראה על שם בתו הבכורה שנפטרה בצעירותה, ונישאה לרבי אהרן משקלוב; בתם הרבנית רבקה היתה רעיית הרבי מהר"ש. בהוצאות החדשות נוספה בת שמינית, הרבנית אסתר מרים, שקברה נתגלה בתש"נ באוהל הרבניות בליובאוויטש עם הכיתוב שנפטרה בא' תמוז תקע"ט — ועד אז לא נודע שהיתה לאדמו"ר האמצעי בת כזו.
עשיר ומופלא הוא אוצר ספריו של אדמו"ר האמצעי. 'אמרי בינה' הוא ספר עיוני ועמוק ביותר, בשעריו — קריאת שמע, ציצית ותפילין — נדונים אחדות ה' ועניינים נשגבים; על ספר זה העיד הרבי הרש"ב על עצמו כי מרוב יגיעת המוח בעיון נשרו שערות ראשו. 'שער האמונה' ו'שער הייחוד' נדפסים יחד בשם 'נר מצווה ותורה אור', ובהם מצוות האמונה, אחדות ה', חג הפסח וסדר ההשתלשלות. עוד חיבר את 'שער התשובה והתפילה' בשלושה חלקים, 'שערי אורה' לחנוכה ופורים, ו'עטרת ראש' לראש השנה ועשרת ימי תשובה ויום כיפור. אדמו"ר האמצעי היה אומר כי שער הייחוד הוא המפתח של תורת החסידות, ושערי אורה הוא האלף בית שלה. בין ספריו נמנים גם 'פירוש המילות', הוספות ל'תורה אור' ול'תורת חיים', ורשימת מאמריו המקיפה כיום תשעה עשר כרכים — על סדר התורה, על נביאים וכתובים, דרושי חתונה, קונטרסים והנחות חסידים מתקע"ז. עוד יש בקדשיו את 'שני המאורות', את 'בד קודש' — חוברת דקה ובה מכתב ששלח למושל ויטבסק בעת מאסרו, ואשר טעם שמו נעלם — מאמרים בודדים, פסקי דינים על יורה דעה ועל לב העברי, ושני כרכי איגרות קודש.