המשנה ממשיכה לדון בחלקים הטפלים של פירות התרומה, ובשאלה אם חל עליהם דין תרומה. כאן עוסקים בזרעים. זרעים שאינם ראויים כלל לאכילה, כגון גרעין המשמש, אין הדיון בהם מתחיל כלל - בוודאי אין להם שם תרומה. אולם יש זרעים הראויים לאכילה למי שחפץ בכך, כגרעיני התפוח; יש הנוהגים לאכול את התפוח כולו, לרבות ליבתו, ולפיכך נחשבים גרעינים אלו כמין מאכל.
בזרעים כאלה, העומדים על גבול האכילות, תלוי מעמדם בדעתו של הכהן:
הפריש את הזרעים כדי לאוכלם בהמשך - הרי הם אוכל, וחלות עליהם כל הגבלות התרומה.
השליך אותם - הרי הם זרעי אשפה בלבד, ופקע מהם מעמד התרומה. משום כך אף מי שאינו כהן רשאי לאוכלם.
עצמות בשר הקודשים:
אותו נימוק עצמו חל על עצמות בשר הקורבנות. בשר הקורבן צריך להיאכל - יש קורבנות הנאכלים לכהנים בלבד, ויש הנאכלים אף לשאינם כהנים - ולכל בשר קורבן נקבע זמן אכילה: יש הנאכל ליום אחד ויש הנאכל לשני ימים. לאחר עבור הזמן נאסר הבשר באכילה, והוא קרוי 'נותר', שהאוכלו נושא בעונש החמור של כרת.
מה, אם כן, דין עצמותיהן של הבהמות המוקרבות? עצמות שאינן ראויות כלל לאכילה אינן אוכל, ואין מקום לדון בהן. אולם עצמות רכות יותר, כעצמות סחוסיות או החלק הרך של עצם המוח, ראויות לאכילה למי שחפץ בכך. השאלה היא אם עצם גבולית זו נחשבת בשר עד כדי חיוב על נותר למי שאכלה לאחר הזמן. התשובה נגזרת מאותו עיקרון: כל עוד לא השליך את העצמות ושמרן לאכילה מאוחרת, נשארות הן בכל הגבלותיו של בשר קודשים רגיל; משהושלכו כאשפה, פקעו מהן ההגבלות והרי הן אשפה בלבד.
פסולת הטחינה:
כאן עוברת המשנה לעניין חדש: מוצרי הפסולת הנוצרים בעיבוד התבואה. יש להבחין בין שני שלבים נפרדים בעיבוד החיטה, שבכל אחד מהם נוצרת פסולת:
הדיש: מניחים את הגבעולים על הגורן, והבהמה מהלכת במעגלים וגוררת לוח כבד המפריד את החיטה מן המוץ. המוץ בלתי אכיל לחלוטין, ואינו ראוי אלא למאכל בהמה, ולפיכך אין דנים בו כלל.
הטחינה והריקוד: לאחר הדיש, הזרייה והבירור נאספים גרעיני החיטה ומאוחסנים. כשרוצים להכין לחם, טוחנים אותם, ואת הקמח המתקבל מנפים בנפה. תהליך הניפוי מפריד בין הקמח הדק לבין הסובין, שאין רצון לאוכלם.
בגרעין החיטה עצמו כמה חלקים:
האנדוספרם - עיקרו של הגרעין, שממנו מתקבל הקמח הלבן והבוהק.
הנבט - המצוי בתוך הגרעין, מזין ביותר, אך אין הוא מניח קמח לבן מושלם, ולכן יש המנפים אותו החוצה אף שהוא דק.
הסובין - הקליפה שסביב גרעין החיטה, גסה יותר. קמח מלא כולל אותה, ואילו קמח שאינו מלא מנפה אותה החוצה.
המורסן - החומר הגס ביותר, שערני וסיבי, המצוי בחלקו החיצון של הגרעין, ואינו אכיל כלל.
אותו היגיון שנאמר עד כה חל אף כאן. המורסן, אותו סובין גס וסיבי, אינו מאכל כלל - כשם שאמרנו בעצמות שאינן מאכל ובעוקצי פירות שאינם מאכל. בזמן חז"ל אף נהגו לשמור את המורסן ולהשתמש בו כחומר קילוף, לשפשפו על העור להסרת העור המת. משום כך אין המורסן מקבל מעמד של תרומה, שכן בלתי אכיל הוא ואינו מאכל.
הסובין, לעומתו, אכיל לגמרי. בימינו הוא אף עלה לאופנה ונחשב מזין ובריא, ואילו בזמן חז"ל העדיפו שלא לאוכלו וביקשו קמח לבן - אך אכיל הוא לחלוטין. לפיכך דינו תלוי בטריותה של החיטה.
"של חדשות" ו"של ישנות":
כשעוסקים בחיטה 'חדשה' ו'ישנה', עלול הלומד לחשוב על יבול השנה שעברה ויבול השנה הזאת, המתחלקים בהבאת העומר. אין זו הכוונה כלל. ההבחנה כאן היא בין חיטה טרייה, שנקצרה זה עתה, לבין חיטה שאינה טרייה.
החיטה נקצרת בעונת הקציר, בזמן חג השבועות בתחילת הקיץ, ולאחר מכן היא שוהה בשדה כל הקיץ כדי להתייבש. בזמן סוכות, הוא חג האסיף, מכניסים את החיטה המיובשת. משהתייבשה כל צורכה היא מצוינת לטחינה; אך חיטה שנקצרה זה עתה עדיין לחה מבפנים, וכשטוחנים אותה נדבק האנדוספרם - הקמח הלבן - אל הסובין מחמת הלחות. במצב כזה יש בסובין תרומה מרובה, אוכל ממש הראוי לאכילה.
חיטה חדשה - שנקצרה בתוך שלושים הימים האחרונים ולא התייבשה כראוי. בסובין הנותרים מטחינתה דבוק אנדוספרם, קמח אכיל, ולפיכך אסורים הם לזר, שכן עדיין תרומה הם.
חיטה ישנה - שעברו עליה יותר משלושים יום והתייבשה לגמרי. הסובין הנותרים בתהליך הניפוי יבשים ואין בהם קמח דבוק, ומשהושלכו כדבר שאינו קמח מותרים הם לזר, שכן אין בהם דין תרומה.
ובלשון המשנה:
"המורסן מותר" - אותו חומר גס וסיבי שאינו אוכל כלל, ואין עליו הגבלות תרומה; זר שאכל מורסן מחיטה של תרומה אינו חייב בכלום.
"הסובין של חדשות אסורות" - הקליפה הפנימית שסביב גרעין החיטה, כשנקצרה בתוך שלושים יום או פחות, אסורה.
"ושל ישנות מותרות" - לאחר שלושים יום, משהתיישנה החיטה והתייבשה, מותרים אותם סובין לזר, שאין הם נחשבים עוד אוכל.
"ונוהג בתרומה כדרך שנוהג בחולין":
זו נקודה חדשה, אך קשורה לקודמתה. אסור לאבד מאכל של תרומה, וממילא עולה השאלה עד כמה חייב אדם לדקדק באכילת התרומה שלא לאבד דבר - שלא להותיר טיפה מאחור, שלא לאבד שיירים במכונות הטחינה וכיוצא בזה. על כך אומרת המשנה: "ונוהג בתרומה כדרך שנוהג בחולין" - אמות המידה הרגילות של האדם בצריכת מזון הן הקובעות. מה שאינו נחשב בזבוז בחולין, אינו נחשב בזבוז בתרומה.
"המסלת קב או קביים לסאה":
לאור זאת דנה המשנה במי שמנפה את קמחו בנפה דקה מן הדקה כדי לייצר 'סולת', הדומה ככל הנראה לקמח הלבן שבימינו והנחשב מאכל מפואר במיוחד. בזמן חז"ל לא היה בידם לטחון את החיטה דק כבימינו, ולפיכך לא הכל עבר את הניפוי הסופי; הנוהג כך מותיר אחריו קמח רב, כשר לאכילה לחלוטין, שאינו סובין כלל אלא קמח ממש. השאלה היא: הואיל ואין בדעתו לאכול קמח זה, האם נחשב הוא קמח או פסולת?
המשנה קובעת שקמח הוא ומאכל הוא. הרשות נתונה לנהוג באמות מידה גבוהות, אך אין האדם רשאי לאבד את הקמח ולבזבזו בשעה שראוי הוא לאכילה לחלוטין; חובה לשומרו ככל תרומה, ולא ילך לאיבוד.
ובלשון המשנה: "המסלת קב או קביים לסאה" - מכל סאה הנכנסת לתהליך הניפוי יוצא קב אחד או שניים בלבד לאכילה. כזכור, הסאה כוללת שישה קבין (ובהמחשה: מארז שישייה של בקבוקים בני שני ליטר, שכל בקבוק הוא קב אחד), ונמצא שהמנפה משאיר אחריו ארבעה או חמישה קבין של קמח טוב לחלוטין.
"לא יאבד את השאר" - אין הוא רשאי להשמיד את ארבעת או חמשת הקבין שלא עברו את הניפוי. "אלא יניחנו במקום המוצנע" - עליו להניחם במקום שמור, עד שיתקלקלו מאליהם. משיתקלקלו רשאי הוא כמובן להיפטר מהם, אך עד אז מוטל עליו לשומרם מפני השמדה ומפני טומאה.