שבועות, פרק א', משנה ו'. המשנה עוברת כעת לצורת כפרה נוספת: אדם טמא שנכנס למקדש במזיד, או שאכל קודשים במזיד, ולא קיבל התראה. אילו היה מקבל התראה היה לוקה מלקות, אך כאן, משלא קיבל התראה, אין הוא לוקה. במקרה זה השעיר הנעשה בפנים, בקודש הקודשים, יחד עם יום הכיפורים - הוא המכפר.
וכפי שראינו קודם לכן, שעיר זה ממלא שני תפקידים: הוא מגן הגנה זמנית על מי שהייתה לו ידיעה בתחילה ואין לו ידיעה בסוף, עד שייוודע לו הדבר ויביא קרבן עולה ויורד - ועד אותה שעה השעיר מגן עליו; ולצד זאת הוא מכפר על מי שעבר במזיד ולא קיבל התראה.
"ועל שאר עבירות שבתורה":
המשנה ממשיכה ומונה את כלל שאר העבירות שבתורה, על כל סוגיהן:
"הקלות והחמורות" - בין עבירות קלות ובין עבירות חמורות, כפי שיתפרט להלן.
"הזדונות והשגגות" - בין שעבר במזיד ובין שעבר בשוגג.
"הודע ולא הודע" - המדובר במי שעשה בשוגג מעשה שיש בו ספק איסור כרת. למשל, אינו יודע אם החֵלב שאכל היה חלב האסור בכרת או שומן המותר באכילה. "הודע" - שנודע לו הספק, ובדרך כלל חייב הוא להביא אשם תלוי, אלא שעדיין לא הביאו ובא יום הכיפורים. "לא הודע" - שלא נתגלה לו הספק אלא לאחר יום הכיפורים.
"עשה ולא תעשה" - מצוות עשה ומצוות לא תעשה, והן הנקראות הקלות.
"כריתות ומיתות בית דין" - עבירות שיש בהן כרת או מיתת בית דין, והן הנקראות החמורות.
על כל אלו - "שעיר המשתלח מכפר": השעיר שנשתלח למדבר ונהרג, הוא המכפר על כל העבירות שנמנו.
שיטת רבי יהודה הנשיא מול שיטת חכמים:
חשוב לציין שהגמרא אומרת כי משנתנו הולכת בשיטת רבי יהודה הנשיא, הסובר שאף אם לא עשה האדם תשובה, השעיר המשתלח מכפר - שהרי משנתנו אינה מזכירה כלל את הצורך בתשובה.
אולם להלכה אנו פוסקים כחכמים, הסוברים שהשעיר המשתלח אינו מכפר על החמורות, הכריתות ומיתות בית דין, אלא עם תשובה. ואם לא עשה תשובה, אין הוא מכפר אלא על הקלות בלבד, כגון מצוות עשה ומצוות לא תעשה.
לסיכום: במשנה זו למדנו כי השעיר הנעשה בפנים יחד עם יום הכיפורים מכפר על טמא שנכנס למקדש או אכל קודשים במזיד בלא התראה, ולצד זאת מגן על מי שהייתה לו ידיעה בתחילה ולא בסוף עד להבאת קרבנו. על שאר עבירות שבתורה - הקלות והחמורות, הזדונות והשגגות, הודע ולא הודע, עשה ולא תעשה, כריתות ומיתות בית דין - מכפר השעיר המשתלח; ולהלכה, כשיטת חכמים, על החמורות אין הוא מכפר אלא עם תשובה, ובלעדיה אין כפרתו אלא על הקלות.