משנה ג' בפרק י"א במסכת סנהדרין ממשיכה להרחיב בדינו של הזקן ממרא. נקודתה של המשנה היא, שכדי שאדם יתחייב כזקן ממרא, עליו לתת פסיקה, הוראה או פרשנות כלשהי לדברי התורה, המהווה "דבר למשפט" כלשון הפסוק - עניין שבפרשנות ובפסיקה, להבדיל מדבר המפורש בתורה שחור על גבי לבן.
"חומר בדברי סופרים מדברי תורה":
חומרה יתרה יש בפירושם של חכמים לדברי התורה מאשר בדברי התורה עצמם. המשנה מדגימה זאת בשני מקרים:
"האומר אין תפילין, כדי לעבור על דברי תורה - פטור" - הזקן פוסק שאין דבר כזה תפילין, ואומר שעבר זמנן של תפילין, ואף שהתורה מורה להניחן - הוא מורה שלא להניח. פסק זה אינו נחשב הוראה ואינו נחשב פסק, שכן התורה אומרת זאת במפורש - "טוטפות בין עיניך" וכיוצא בזה - וכל ילד בבית הספר יודע שהתורה מחייבת הנחת תפילין. עצם הכחשת קיומן בפסוקים מלמדת שאין הוא קורא את הפסוקים כלל, ולפיכך אין בכך הוראה.
"חמש טוטפות, להוסיף על דברי סופרים - חייב" - האומר שיש חמישה בתים בתפילין של ראש, בניגוד לארבעה שאמורים להיות בהן. מספר הפרשיות אינו מפורש בתורה אלא נלמד מדרשה: בידינו מסורת שארבע פרשיות אלו נכנסות לתפילין ושעליהן להיות ארבע פרשיות נפרדות, ולמדים זאת מכך שהמילה "טוטפות" נזכרת שלוש פעמים - פעמיים חסרה ו' ופעם אחת מלאה - ומכאן ארבעת החלקים. נמצא שהוא בא לכאורה להוסיף על מסורת חז"ל, אך כל המוסיף גורע: תפילין בעלות חמישה בתים פסולות. משנתן הוראה ופסק פרשני בפסוקים, הסותר את מסורת ישראל ואת פסק הסנהדרין - חייב כזקן ממרא.
להלכה - באילו הוראות מתחייב הזקן ממרא:
הדבר מורכב במקצת, שכן במשנה ובגמרא עצמה הובאו שיטות אחדות בשאלה אילו סוגי הוראות ופסיקות מהווים עילה לדין זקן ממרא. הרמב"ם פסק בדבר, ועל פי פסיקתו:
דבר שזדונו כרת ושגגתו חטאת - שאם עבר על אותה עבירה במזיד יתחייב כרת או חמור מזה, כמיתה, ואם עשה בשוגג חייב קרבן חטאת. רק עבירות חמורות מסוג זה, אותם לאווין, הם העניינים שעל פיהם אדם יכול להפוך לזקן ממרא.
תפילין - אף שהן מצוות עשה, ייחודן בכך שכל המוסיף גורע, בין בהוספה עליהן ובין בגריעה מהן, ולפיכך אף בתפילין שייך באופן פוטנציאלי דין זקן ממרא.
הוראה שיש בה השלכה פוטנציאלית לכרת - כגון זקן ממרא המורה בקביעת לוח השנה, בהוספת חודש או יום בחודש, באופן המשנה את היום שבו יחול הפסח. שהרי אכילת חמץ בפסח איסורה בכרת, ונמצא שפסיקתו כנגד דעת הסנהדרין יוצרת השלכה העלולה להביא לידי חיוב כרת, ולפיכך אף מקרה זה בכלל דין זקן ממרא.
לעומת זאת, סוגים אחרים של הוראות אינם בכלל זה: אם הורה שבארבעת המינים יש ליטול ענף של עץ תפוח במקום לולב, או שאין לתקוע בשופר, או שיש לתקוע בשופר של פרה וכיוצא בזה. כל אלו אינם נושאים עמם עונש כרת, ולפיכך אף אם הורה כן, אינו מתחייב מיתה כזקן ממרא.
לסיכום: במשנה זו למדנו שחיוב זקן ממרא תלוי בכך שהורה הוראה פרשנית - "דבר למשפט" - ולא בהכחשת דבר המפורש בתורה, ומכאן ש"חומר בדברי סופרים מדברי תורה". להלכה, אין החיוב אלא בהוראה בדבר שזדונו כרת ושגגתו חטאת, בענייני תפילין שכל המוסיף בהן גורע, ובהוראה שיש בה השלכה העלולה להביא לידי כרת, כקביעת לוח השנה; ואילו בהוראות שאין בהן כרת - פטור.