משנה ו' עוסקת בארבעה מומים נוספים שבפנים ובראש: בחוטם, בשפה ובשיניים.
החוטם:
אומרת המשנה: "חוטמו שניקב, שנפגם, שנסדק" - חוטמה של הפרה, העז או הכבש שניקב, שחסרה ממנו חתיכה, או שנסדק אף על פי שלא חסר ממנו דבר. שלושה אלו נחשבים מומים קבועים, משום שאין הם מתרפאים מאליהם והם נראים מבחוץ. מכאן עולה נפקא מינה: נקב בחלקו הפנימי של החוטם, או חתיכה החסרה מחלקו הפנימי, אינם מום, שהרי אין הם נראים מבחוץ.
השפה:
וכן "שפתו שניקבה, שנפגמה, שנסדקה" - שפתה שניקבה, שיצא ממנה כמין פלח, או שנסדקה כמו במספריים, באופן שאין בשר חסר אלא שהיא נחלקת לשתי חתיכות. אף אלו מומים שאינם עתידים להתרפא, ולפיכך מותר לשחוט בהמה כזו.
מערכת השיניים בבהמה מעלת גרה:
מערכת השיניים של בהמה מעלת גרה - פרה, עז וכבש - יוצאת דופן במבנה שלה. בחלקו הקדמי של הפה, בלסת התחתונה בלבד, מצויות שמונה שיניים חותכות. בלסת העליונה אין שיניים חותכות כלל, אלא משטח שטוח. הבהמה תופסת בשיניה התחתונות את העשב, תולשת אותו וטוחנת אותו, ואילו הלעיסה, ובכללה העלאת הגרה, נעשית בשיניים האחוריות.
עמוק יותר בפה מצויה, בהיעדר מונח מדויק יותר, מערכת שיניים שנייה: הקדם-טוחנות והטוחנות, כאותן שיניים אחוריות שבפיו של אדם. מספרן עשרים וארבע, בחלוקה שווה:
שש בלסת התחתונה מצד שמאל.
שש בלסת התחתונה מצד ימין.
שש בלסת העליונה מצד שמאל.
שש בלסת העליונה מצד ימין.
בסך הכול שלושים ושתיים שיניים, כמניין שיניו של אדם. הקדמיות שבהן נקראות קדם-טוחנות, והאחוריות, העמוקות יותר לכיוון הגרון, נקראות טוחנות. בלשון המשנה נקראות אלו 'פנימיות', לעומת ה'חיצונות' שהן שמונה החותכות. ונראה שהמשנה מבחינה בתוך הפנימיות עצמן בין ה'מתאימות' - ככל הנראה המלתעות הקדמיות - לבין השיניים העמוקות מהן.
דין המשנה בשיניים:
אומרת המשנה: "חיטיו החיצונות שנפגמו או שנגממו" - אלו הנראות בשעה שהבהמה פותחת את פיה. אם נשברה אחת משמונה השיניים הקדמיות, או שנשחקו השיניים החותכות עד שנעשו כמין גדמים שטוחים, הרי זה מום. אך "הפנימיות שנעקרו" - עשרים וארבע השיניים הפנימיות אינן נחשבות למום אלא אם כן נעקרו לגמרי. שבר בשן פנימית, או שן טוחנת שנשחקה, אינם מום; ורק עקירה גמורה נחשבת מום, משום שניתן להבחין בה כשהפרה, העז או הכבש פותחים את פיהם, וכפי שמבארת הגמרא הרי זה מום הנראה מבחוץ.
שיטת רבי חנינא בן אנטיגנוס:
רבי חנינא בן אנטיגנוס חולק ואומר: "אין בודקין מן המתאימות ולפנים, ואף לא את המתאימות" - כלומר, בשיניים הפנימיות אין מתחשבים כלל, שאין הן בכלל הנראה מבחוץ, ולפיכך אין נפקא מינה במה שאירע בהן. וכל עשרים וארבע השיניים הללו אינן מעכבות: בין שחסרה אחת מהן ובין שחסרו כולן, אין זה מום, שהרי אין הדבר נראה מבחוץ. ואולם אין הלכה כמותו.
לסיכום: במשנה זו למדנו ארבעה מומים שבפנים ובראש - בחוטם, בשפה ובשיניים. הכלל העולה מכולם הוא כפול: המום צריך להיות קבוע, שאינו עתיד להתרפא, וכן נראה מבחוץ. לפיכך פגמים שבפנימיות החוטם אינם מום; בשיניים החיצונות די בפגימה או בשחיקה; ובפנימיות אין מום אלא בעקירה גמורה, הנראית בשעת פתיחת הפה. ולדעת רבי חנינא בן אנטיגנוס אין השיניים הפנימיות מעכבות כלל, אך אין הלכה כמותו.